Magical Mystery Tour, The White Album y Yellow Submarine

Magical Mystery Tour, la banda sonora de una próxima película de The Beatles, apareció como un doble EP de seis temas a principios de diciembre de 1967. En los Estados Unidos las seis canciones aparecieron en un LP titulado de la misma manera, en el que se incluyeron también los temas de sus últimos sencillos. Allmusic opina sobre el Magical Mystery Tour americano: «El sonido psicodélico de este disco está muy a la par del Sgt. Pepper, e incluso se encuentra más acentuado en algunas partes de él (especialmente en los collages de sonido de 'I Am the Walrus')», y califica a sus cinco canciones extraídas de los sencillos que publicaron en 1967 como «enormes, gloriosas e innovadoras». El álbum estableció un nuevo récord en sus primeras tres semanas de venta inicial en los Estados Unidos, el más alto de cualquier otro LP de Capitol, y es una compilación de Capitol que después fue adoptada en el canon oficial de los álbumes de estudio de The Beatles. Transmitida el Día de San Esteban, la película Magical Mystery Tour, dirigida básicamente por McCartney, les trajo la primera crítica negativa por parte de la prensa del Reino Unido, con artículos despectivos hacia su filme. Fue llamada «una indudable basura» por el Daily Express, que la describió como «una sucesión de imágenes sin editar mostrando a un grupo de gente subiendo y bajando de un autobús y viajando todo el tiempo en él». Sin embargo, el Daily Mail la calificó como «un proyecto vanidoso», mientras que The Guardian la calificó como «una especie de juego de fantasía moral sobre la grosería, la calidez y la estupidez de la audiencia». Le fue tan rotundamente mal que fue cancelada en ese momento en Estados Unidos. En enero, filmaron un corto para la película animada Yellow Submarine, una versión animada y fantasiosa de The Beatles. La otra y última participación que llevaron a cabo en la película fue con la contribución de varias grabaciones de estudio inéditas. Estrenado en junio de 1968, el filme fue bien recibido por su innovador estilo visual y humorístico, además de su música. Sin embargo, tuvieron que pasar siete meses hasta que se publicó la banda sonora de la película.

El álbum The Beatles fue lanzado en noviembre
 de 1968. Fue conocido popularmente como el Álbum
 Blanco por ser su portada totalmente blanca y
 contener solo el nombre del grupo en relieve.

Entre tanto, apareció lo que sería el álbum The Beatles, un doble LP popularmente conocido como el White Album —Álbum Blanco— debido a su funda totalmente blanca. En contraposición a las anteriores fundas o cubiertas, el Álbum Blanco —publicado con el plus del diseño minimalista de Richard Hamilton— contrastaba con anteriores diseños de las cubiertas de estilo pop-art como los que realizabaPeter Blake. La inspiración creativa para este álbum llegó desde una nueva dirección, cuando, faltando la presencia rectora de Epstein, la banda se volvió hacia el Maharishi Mahesh Yogi para hacerlo su gurú. En su ashram en Rishikesh, India, la impartición de un «curso-guía» de tres meses se convirtió en uno de sus períodos más creativos, produciendo allí un gran número de canciones, incluyendo la mayor parte de las treinta grabadas para el álbum. Starr se marchó después de diez días de estancia allí, comparando aquel lugar con un campamento familiar de verano, y McCartney finalmente se aburrió con el procedimiento de sus compañeros en aquel lugar y se fue un mes después. Para Lennon y Harrison la creatividad se tornó en cuestionamiento cuando Yanni Alexis Mardas, técnico de electrónica conocido como Magic Alex, sugirió que el Maharishi estaba tratando de manipularles. Después de que Mardas alegara que el Maharishi había hecho proposiciones sexuales a varias asistentes, Lennon quedó convencido y se fue abruptamente, llevándose a Harrison y al resto de la comitiva consigo. En su ira, Lennon escribió una canción llamada «Maharishi», pero luego la modificó para evitar una demanda legal, convirtiéndola en la canción «Sexy Sadie». McCartney dijo: «Hemos cometido un error. Pensábamos que había algo más en el Maharishi de lo que realmente había».

Durante las sesiones de grabación para el álbum, que se extendieron desde fines de mayo hasta mediados de octubre de 1968, las diferencias y los desacuerdos comenzaron a dividirlos. Starr los dejó por un tiempo, lo que hizo que siguiesen adelante con McCartney tocando la batería en varios temas. El romance de Lennon con la artista vanguardista Yoko Ono contribuyó a crearles tensiones, haciendo que Lennon perdiese el interés en escribir canciones con McCartney. Desobedeciendo el acuerdo que ellos mismos establecieron de no llevar parejas al estudio, Lennon insistió en llevar a Ono a todas las sesiones de grabación, situación que no le agradaba a Harrison. También era cada vez más despectivo con los aportes creativos de McCartney, al que empezó a identificar como «autor de música para abuelitas», calificando la canción «Ob-La-Di, Ob-La-Da» como «música-basura para abuelitas». Recordando las sesiones del White Album, Lennon ofreció un curiosamente abreviado resumen de la historia que había vivido con sus compañeros a partir de ese momento, diciendo: «Es como si sacaras cada tema de ahí y lo convirtieras en todo mío y todo de Paul [...] solamente yo con músicos de acompañamiento por un lado y Paul igualmente por otro; y me lo pasé bien. Entonces fue cuando nos disolvimos». McCartney también recordó que las sesiones marcaron los comienzos de la ruptura, diciendo: «Hasta ese momento, el mundo era un problema, pero nosotros no lo éramos», lo cual siempre había sido «la mejor cosa de The Beatles». Publicado en noviembre, el White Album fue el primer álbum de The Beatles editado por Apple Records. El sello discográfico era una de las divisiones de la empresa Apple Corps, formada por el grupo a su regreso de la India, cumpliendo así un plan previo de Epstein de crear una estructura empresarial efectiva para administrar mejor los impuestos a pagar. El álbum tuvo más de dos millones de pedidos anticipados, vendiendo casi cuatro millones de copias en los Estados Unidos en poco más de un mes, y sus temas dominaron las listas de las emisoras de radio estadounidenses. A pesar de su popularidad, no recibió comentarios halagadores en su época. Según Jonathan Gould,

La opinión general de la crítica se decantó finalmente a favor del White Album, y en 2003 la revista Rolling Stone lo consideró el décimo mejor álbum de todos los tiempos. Pitchfork describe el álbum como «grande, rebosante de ideas y lleno de una enorme variedad musical  sus defectos son tan esenciales a su carácter como sus virtudes». Allmusic señala: «Claramente, las dos fuerzas compositoras de The Beatles ya no estaban en la misma página, pero tampoco lo estaban George y Ringo»; a pesar de todo «Lennon crea una de sus dos mejores baladas, las letras de las canciones de McCartney son sorprendentes», es visible que Harrison se ha convertido en «un compositor que merecía una demostración más amplia» y la composición de Starr «es un placer».

Para ese entonces, el interés por las letras de The Beatles estaba tomando un aspecto serio. Cuando la canción de Lennon «Revolution» se había publicado como sencillo en agosto, como anticipo del White Album, su mensaje parecía claro: «libera tu mente» y «no cuentes conmigo» para cualquier conversación sobre la destrucción como medio para alcanzar un fin. En un año caracterizado por protestas estudiantiles que se extendían desde Varsovia hasta París y Chicago, la respuesta de la izquierda radical fue mordaz. Sin embargo, la versión de la canción en el White Album, «Revolution 1», añadía una palabra extra: «count me out... in» , lo que implicaba un cambio de ideas desde la publicación del sencillo. De hecho, la cronología se había invertido: la ambigua versión del álbum se había grabado antes, pero algunos creyeron que The Beatles ahora decían que la violencia política podía ser, a pesar de todo, justificable.

El LP Yellow Submarine apareció finalmente en enero de 1969. Contenía sólo cuatro de sus canciones inéditas, junto a la pista del título, ya aparecida en Revolver; una canción editada en sencillo en 1967; y siete piezas instrumentales compuestas por George Martin e interpretadas con su orquestada. Debido a la escasez de música nueva que la agrupación proporcionaba, Allmusic sugirió que quizás el álbum «no fuese esencial», salvo por el tema «It's All Too Much» de Harrison, «la joya de las nuevas canciones  resplandecida por un mellotron envolvente, una percusión increíble, y un feedback de guitarra fastuoso una excursión virtuosa en la por otra parte confusa psicodelia reinante».