El proyecto de Let It Be, Abbey Road y la separación

En este antiguo edificio de Apple fue donde
se realizó el famoso concierto en la azotea
durante las sesiones de Let It Been enero de 1969

El ingeniero Glyn Johns trabajó durante meses reuniendo varias iteraciones posibles para poder publicar un álbum definitivo de Get Back, mientras que ellos trataban otros asuntos. El problema llegó con la necesidad de nombrar un asesor financiero, necesidad que se había hecho evidente al no estar ya Epstein para gestionarles sus asuntos de negocio. Lennon estaba a favor de Allen Klein, que había negociado los contratos de The Rolling Stones y otras bandas del Reino Unido durante la invasión musical británica en los Estados Unidos. La elección de McCartney fue John Eastman, hermano de Linda Eastman, con quien McCartney se casaría el 12 de marzo de 1969 (ocho días antes de que lo hicieran Lennon y Ono). No se pudo llegar a ningún acuerdo, así que ambos candidatos fueron nombrados para el mismo puesto. A causa del conflicto, se perdieron varias oportunidades de operaciones financieras.

Martin se sorprendió cuando McCartney se puso en contacto con él y le pidió que produjera un nuevo álbum, ya que las sesiones de Get Back habían sido —según el productor— «una experiencia desagradable» y que había «pensado que era el final del camino para todos nosotros [...] se habían convertido en personas desagradables - para ellos mismos como para las demás personas.» Las sesiones de grabación de Abbey Road se iniciaron a finales de febrero de 1969. Lennon rechazó el formato propuesto por Martin de «una obra musical continua», y quería que sus propias canciones y las de McCartney ocuparan partes separadas del álbum. El formato final, con canciones individuales en la primera parte y la segunda comprendiendo un largo medley, fue un concepto sugerido por McCartney. El 4 de julio, mientras iba progresando el trabajo en el álbum, apareció el primer sencillo de un miembro de The Beatles en solitario: «Give Peace a Chance» de Lennon, acreditado a la Plastic Ono Band. La complementación de «I Want You (She's So Heavy)», de Abbey Road, el 20 de agosto, fue la última vez que los cuatro Beatles estuvieron juntos en el mismo estudio. Lennon anunció su retirada de la formación el 20 de septiembre de 1969, pero se llegó a un acuerdo por el cual no se haría ningún anuncio público hasta que no se resolvieran algunos asuntos legales aún pendientes.

Lanzado seis días después de la declaración de Lennon, Abbey Road vendió cuatro millones de copias en dos meses y encabezó las listas del Reino Unido durante once semanas. Su segunda pista, la balada «Something», se publicó también como sencillo, la primera y única composición de Harrison en aparecer como un lado A en los sencillos de The Beatles. Abbey Road recibió críticas muy variadas, aunque el medley se llevó el aplauso general. Allmusic considera que es «un oportuno canto de cisne para el grupo» con «algunas de las mejores armonías que pueden ser oídas en cualquier disco de rock». MacDonald lo resaltó como «errático y, a menudo hueco»: «Si no hubiera sido por la entrada de McCartney como diseñador del largo medley [...] Abbey Road carecería de la semblanza de unidad y coherencia que hace que parezca mejor de lo que es». Martin lo colocó como su favorito entre todos los álbumes de The Beatles; Lennon dijo que era «competente», pero «no tenía vida en él», llamando a «Maxwell's Silver Hammer» «más de la música de abuela de Paul». El ingeniero de grabación Geoff Emerick señaló que la sustitución de la válvula en la mezcladora de audio del estudio hizo que el transistorizado produjese un sonido con menos garra, dejando a los músicos frustrados por el tono más delgado y la falta de efecto.

The Beatles cruzando el emblemático paso
 de cebra de Abbey Road

El 3 de enero de 1970 se grabó la última nueva canción de The Beatles, «I Me Mine», de Harrison, para el aún incompleto álbum Get Back. No había participado Lennon, que se encontraba entonces en Dinamarca. Para completar el álbum, ahora retitulado Let It Be, Klein dio en marzo las cintas de grabación de Get Back al productor estadounidense Phil Spector. Conocido por su característico muro de sonido, Spector había producido recientemente el sencillo en solitario de Lennon «Instant Karma!». Además de remezclar el material de Get Back, Spector editó, empalmó y sobregrabó en varias de las pistas que The Beatles habían concebido como grabaciones «en vivo». McCartney estaba insatisfecho con el tratamiento que Spector le dio al material, y particularmente con la orquestación en «The Long and Winding Road», que involucró a un conjunto de un coro y una orquesta de treinta y cuatro piezas instrumentales. Por ello, intentó sin éxito detener el lanzamiento del álbum en la versión de Phil Spector. Finalmente, McCartney anunció públicamente la separación del grupo el 10 de abril de 1970, una semana antes de la publicación de su primer álbum en solitario, McCartney. Las primeras copias de su álbum debut en solitario incluían una nota de prensa con una autoentrevista explicando el final de The Beatles y sus esperanzas cara al futuro.

El 8 de mayo se lanzó el álbum Let It Be, con producción final de Spector. El sencillo extraído de él, «The Long and Winding Road», fue su última publicación en los Estados Unidos, ya que en Gran Bretaña no se había publicado como tal. La película documental Let It Bele siguió más tarde en ese mes; en la ceremonia de los Premios Óscar del siguiente año ganaría el Óscar a la mejor banda sonora. The Sunday Telegraph la calificó como «una película muy mala, pero al mismo tiempo enternecedora [...] sobre la ruptura de esta tranquila, geométricamente perfecta, y alguna vez atemporal familia de compañeros». Más de una reseña crítica había comentado que algunas pistas de Let It Be sonaban mejor en la película que en el propio álbum. Observando que Let It Be es el único álbum de The Beatles que solía ocasionar reseñas negativas, incluso hostiles, Allmusic lo describió como «en conjunto, un álbum menos valorado [...] McCartney, en particular, ofrece algunas joyas: la canción al estilo gospel «Let It Be», que contiene alguna de sus mejores letras; 'Get Back', uno de sus temas más roqueros; y la melódica 'The Long and Winding Road', arruinada por la sobreproducción de Spector». Paul McCartney presentó una demanda para la disolución de The Beatles el 31 de diciembre de 1970. Las disputas legales continuaron mucho tiempo después de la ruptura, y la disolución de la asociación no surtiría efecto hasta 1975.